En su segunda participación venció a la candidata nacionalista Alba Nora Gúnera de Melgar y asumió la presidencia de Honduras el 27 de enero de 1998.
Es el primer hondureño de ascendencia palestina que ha ocupado la silla presidencial de esta nación centroamericana. Su gobierno estuvo marcado por la tragedia provocada por el paso del Huracán Mitch (1998), fenómeno natural que causó grandes pérdidas humanas y materiales.
Prácticamente todos sus esfuerzos se centraron en desarrollar el Plan Maestro para la Reconstrucción y Transformación Nacional de Honduras, que contó con el apoyo humanitario y financiero de la comunidad internacional.
Entregó la presidencia el 26 de enero de 2002. Es uno de los líderes liberales más influyentes dentro de su partido.
